作为系统盘中的核心文件，MSDos。系统启动时SYS是必不可少的。在DOS操作系统时代，主要负责创建、删除、读写磁盘文件的管理，内存管理，磁盘等系统资源管理。
在MSDOS及以下版本中，MSDOS。SYS是一个非常重要的启动文件。但是，在MSDOS版中，MSDOS。SYS成为了一个设置文件，有点类似于CONFIG。SYS并且仍然有很大的功能。
MSDOS的功能。[计]系统复制命令（system的简写）
在Win9X中，MSDOS。SYS成为一个纯文本的系统配置文件，用来控制Win的启动模式。您可以在DOS模式下删除其特殊属性(只读、隐藏、系统)，并根据需要自行配置。MSDOS。SYS可以是空文件，甚至可以被删除。当然，此时系统只能以纯DOS模式启动，无法进入GUI系统。
使用SYS将系统转移到硬盘修复引导文件时，会覆盖引导记录，IO。SYS和COMMAND.COM，以及MSDOS的内容。SYS会保持不变，这样系统的引导部分修复后，整个系统仍然可以正常启动。
MSDOS中[选项]块中的一些设置。Windows98的SYS文件。
[选项]
自动扫描=1/0
BootDelay=2/？
BootGUI=1/0
启动键=1/0
BootMenu=0/1
BootMenuDefault=1/2/3/4/5/6/7
BootMulti=0/1
BootWarn=1/0
BootWin=1/0
DblSpace=0/1
双缓冲区=0/1
DrvSpace=0/1
负载顶部=1/0
徽标=1/0
WinVer=1998年10月4日