网络支付的功能是买卖双方通过支付机构传递支付指令，实现交易资金的拨付。结合支付的流程和方式，当前网络支付模式大致可分为网关模式和平台模式。
网关模式下，网络支付平台仅仅是银行内部金融网络和公共互联网的联结者，其主要作用是对两者之间的数据进行打包、加密、解密并完成数据之间的传递。这样的模式如同一个“链式”结构，链的前端联系着各种支付结算方式，供签约网上消费者选择，链的后端则是第三方支付平台的签约银行，第三方支付平台只是起着“信使”作用，将互联网上各种支付请求指令进行搜集，分析并实时传递给后台的银行内部金融系统，银行完成相关转账业务后将支付信息传递给网络支付平台，非金机构借此向商户发出指令，告知资金清算结果。该种模式的主要特征是在支付过程中有银行机构“网银界面”的跳出，且这种类型的网络支付机构本身不从事电子商务活动，是互联网和传统银行网络之间的居间人。
平台模式是在网络支付机构开发的平台下运行的，网上消费者和特约商户必须在平台上开设支付账户，消费者和商户达成买卖合意后，由消费者通过网上银行转账的方式将资金注入支付账户中，由网络支付机构代为保管该笔资金，并向商户发出发货指令，待消费者收货确认后向第三方支付机构发出支付指令，完成货物和资金的双向交付。在该种模式下网络支付机构，扮演着信用承担的角色为买卖双方提供信用保障，在实际运作过程中支付机构还充当对商户的资信评级工作，能够有效解决资金交易双方的信息不对称和诚信缺失的现象。该种模式主要面向 C2C、B2C 市场以及B2B 市场。
由此可见，从交易技术上看，目前两种支付模式都是通过 SSL 安全协议加密，基本上能够做到支付身份和交易安全性认证，通过加密传输技术实现了数据的完整性和保密性。从存在风险上看，近年来网络支付机构的运营管理发展迅速，内控内管措施不断强化，但与传统银行相比，缺乏完整的风险管控机制和技术维保措施，中小支付机构在这一方面的问题尤为突出。同时，支付机构的信用等级远不及商业银行，在应对可能存在的经营风险上，网关模式明显优于平台模式。
